中国科学院水生生物研究所(以下简称水生所)是从事内陆水体生命过程、生态环境保护与生物资源利用研究的综合性学术研究机构，其前身是1930年1月在南京成立的国立中央研究院自然历史博物馆，1934年7月改名为中央研究院动植物研究所，1944年5月又分建成动物研究所和植物研究所。

　　中国科学院成立以后，于1950年2月将国立中央研究院动物研究所、北平研究院动物学研究所、国立中央研究院植物研究所藻类部门合并，组建中国科学院水生生物研究所，所址上海，1954年9月迁至武汉。2011年水生所整体进入中国科学院“创新2020”试点工程。2015年被认定为中国科学院“率先行动”计划特色研究所。