1996年，武汉物理研究所与武汉数学物理研究所合并组建中国科学院武汉物理与数学研究所。经过20余年稳健发展，研究所现已建成波谱与原子分子物理国家重点实验室、国家大型科学仪器武汉磁共振中心、中国科学院原子频标重点实验室、中国科学院生物磁共振分析重点实验室等多个国家和省部级科研平台。在新的历史机遇期，武汉物数所按照中国科学院“三个面向，四个率先”办院方针，以“出成果、出人才、出思想”为目标，全面推进学科交叉与全链条式发展。