学校前身是1978年创立的甘肃中医学院;1989年，学校在甘南州卫生学校藏医学专业基础上创办藏医系，逐渐发展为具有硕士学位授予资格的藏医学院;2014年，定西师范高等专科学校整体并入;2015年，学校正式更名为甘肃中医药大学;2017年,和平校区一期项目完工并投入使用，逐渐完成教学及行政整体迁入;2018年，顺利通过教育部本科教学工作审核评估。经过四十载薪火相传和砥砺奋进，学校已实现“办学层次提升”和“办学空间拓展”两大目标。