参考解析:(1)建设单位在工程管理中存在的问题主要有：

　　①在工程招投标阶段，定标时没有考虑施工单位的施工能力，而错误地将此工程交由A施工单位承担;

　　②A施工单位本无总包资质，而建设单位却同意其将工程量分包给B施工单位，使A施工单位作了总包。

　　(2)B施工单位在工程管理中存在的问题主要有：

　　①B施工单位不应根据A施工单位的质量管理要求进行工程管理。B施工单位应根据工程的实际要求和自己施工人员的实力进行质量管理。

　　②B施工单位在请A施工单位的技术人员给自己的作业人员讲课以后，不能就此认为自己的施工人员就具备了上岗资格。B施工单位应根据工程要求进行上岗前的考试，考试合格者才可以上岗，以保证作业人员具备相应的上岗能力。

　　③B施工单位在施工中不应按照A施工单位设置的重要过程和质量控制点进行控制。

　　B施工单位应根据施工现场的具体条件、自己管理人员和施工人员的实际水平以及以往工程中不合格的发生情况，对工程中的重要过程和质量控制点进行控制。

　　④B施工单位的交底工作不能只进行口头交底。对工程中重要过程应进行技术交底，应使上岗操作人员和质检员明确技术要求、质量要求和操作要求。工程交底要形成文字记录，并应有交底人和被交底人签字。

　　⑤B施工单位放绑的线缆多次出现返工，两个机房更换列熔丝基座时发生短路事故，说明B施工单位没有对不合格制定纠正或预防措施，从而使得不合格现象多次、反复出现。B施工单位应针对同一工序经常性的不合格分析不合格的原因，制定纠正措施，防止再次发生，从根源上杜绝不合格。

　　(3)机架安装工作的质量控制点包括：基座的位置、水平度;机架安装的位置、垂直度;机架上加固;机架的标志。

　　(4)质量监督机构应该对A、B两个施工单位进行处罚。因为B施工单位是以A施工单位的分包单位出现的。对于工程质量问题，施工单位应对工程的施工质量负责。建设工程实行总承包的，总承包单位应当对全部建设工程质量负责;工程施工实行总承包的，总承包单位应当对其承包的工程质量负责。总承包单位依法将建设工程分包给其他单位的，分包单位应当按照分包合同的约定对其分包工程的质量向总承包单位负责，总承包单位应与分包单位对分包工程的质量承担连带责任。无论A施工单位是否具有总承包资质，都应受到处罚。对于B施工单位，他是工程质量问题的制造者，受到处罚也是理所应当的。

　　所以，质量监督机构应该对A、B两个施工单位进行处罚。