民营企业在发展过程中，往往会遇到三个层次的管理瓶颈：
    最直接、表象的瓶颈
    人力资源短缺
    民营企业在用人时，往往有股“狠劲”，一般不会出现人浮于事的局面，但却经常在快速的发展过程中，在一次次上台阶、上规模，实现更高数量级的飞跃时，发现人力资源短缺。人力资源成为公司发展的短板，制约了“企业木桶”水平线的提高。这种情况，多半会刺激企业大力招募外部人才，同时也大力培养内部人才。但由于人才，特别是适合于特定企业使用的人才，其贡献比之其投入，总有相当的滞后性，其需求比之其供给，总有相当的稀缺性，经常流失，致使企业总处于人力资源短缺的现状。
最根本、复杂的瓶颈
规范管理体系
    民营企业的管理体系很不规范。决策随意性极强，企业内家族成员遍布。部门设置缺乏科学制衡，却不乏处处制肘之事。随着企业快速发展，必须对原有管理体系作全面更新，以符合新的战略发展需要，不仅从根本上渐进地解决人力资源问题，而且要解决发展机制、分支机构、业务战略等问题。然而要建设规范管理体系，又会遇到两个最大问题。首先就是企业最高决策人员思想观念的障碍，受不了规范管理体系约束；其次就是规范管理体系的建设对眼前业务发展的影响，很多企业保守派往往以妨碍业务开展为借口反对管理体系建设，在“业务为王”的民营企业，总是成功，而且屡试不爽，成为规范管理体系不能建立起来的最大障碍。
    最容易忽视且关键的瓶颈
    职能管理
    由于创业的艰辛和多年市场磨练，民营企业往往“重武轻文”，高度重视业务管理和业务开拓方面的投入，由于职能管理的经济效果很难直接体现，对职能管理—————战略、人力资源、资本运作等领域不够重视，致使职能管理成为管理体系的薄弱环节，影响企业进一步开疆拓土、冲锋陷阵，变成“能攻不能守”、“后方空虚”、“支撑乏力”、“粗放式经营”的局面。一些民营企业虽然认识到需要加强职能管理，但一不知道方法，只知道套模式；二不尊重科学规律，一味急功近利。一旦模式套用失败，不能达成近期效果，就怀疑起职能管理的功效，领导减少关注，企业减少投入，使企业的职能管理沦为“打杂”、“装饰”的地位，成为民营企业不能实现管理“质”的飞跃的根本原因。
    专家认为，民营企业在创业初期往往是一种松散结构（如作坊式的经营），没有规范管理，靠着老板拚命和随机处理，也取得了成功，甚至是不小的成功。但管理基础薄弱几乎是所有民营企业的通病。随着企业的发展，它首先会遇到领导危机和秩序危机。正是由于意识到管理薄弱，或者管理水平低，感觉到强烈的危机，有时又会提出一些不切实际的管理目标和手段，如套模式，套体系，结果是越涂越黑，越管越乱。科学的管理体系是在管理创新的过程中逐步形成的，企业管理的能力是在管理实践中锻炼出来的，管理团队和管理人才是在总结管理经验基础上打造出来的。特别需要指出的是，管理改进是一个循序渐进的过程。建设适合企业发展战略的组织结构是克服企业成长过程中危机的惟一办法。