本病的主要诊断依据包括慢性腹泻、脓血黏液便、腹痛，不同程度全身症状，反复发作的趋势;多次粪检无病原体发现，内镜检查及X线钡剂灌肠显示结肠炎病变等。完整的诊断应包括临床类型、严重程度、病变范围及病情分期。
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