审计机关根据工作需要，可以设置派出机构。哪一级审计机关可以设置派出机构法律没有限制。实践中，地市级以上政府的审计机关有设置派出机构的情况，县级政府的审计机关设置派出机构的情况还不多见。本节以审计署为例，对审计机关的派出机构进行介绍。审计署的派出机构分为两类，一类是派出审计局，一类是驻地方特派员办事处。
一、派出审计局
审计署除设置12个司以外，还设有派出审计局。根据中央机构编制委员会办公室、审计署于1998年6月13日印发的《关于审计署向国务院各部门、直属事业单位派出审计机构的通知》的规定，审计署派出25个审计局，对国务院有关部门、直属事业单位及其在京的下属单位的财政财务收支进行审计监督。其名称为审计署某某审计局，如审计署外交外事审计局等。派出审计机构的编制为190人，由审计署垂直领导，人、财、物等由审计署直接管理。派出审计局对审计长负责并报告工作，具体工作事项同审计署有关司局对口联系，并接受其业务指导。
这25个派出机构是：审计署外交外事审计局、审计署发展计划审计局、审计署经济审计一局、审计署经济审计二局、审计署贸易审计局、审计署国防工业审计局、审计署教育审计局、审计署科学技术审计局、审计署政法审计局、审计署民族宗教审计局、审计署监察人事审计局、审计署资源环保审计局、审计署社会保障审计局、审计署建设建材审计局、审计署交通运输审计局、审计署信息邮政审计局、审计署农林水审计局、审计署文化体育审计局、审计署卫生药品审计局、审计署海关审计局、审计署经济执法审计局、审计署新闻通讯审计局、审计署旅游侨务审计局、审计署科学工程审计局、审计署地震气象审计局。
根据1998年10月21日《审计署关于派出审计局开展审计工作的暂行办法》的规定，派出审计局对国务院各部门、直属事业单位进行审计，其审计通知书、审计意见书和审计决定，由审计署直接下达。对各部门下属单位的审计，审计通知书、审计意见书和审计决定，由派出审计局根据审计工作计划或审计署审计业务会议决定下达，报审计署备案。
二、驻地方特派员办事处
根据《审计法》第十条的规定，审计机关根据工作需要，可以在审计管辖范围内派出审计特派员。审计特派员根据审计机关的授权，依法进行审计工作。审计机关是按照被审计单位的财政财务隶属关系或者国有资产监督管理关系确定审计管辖范围的，而不是按照地域确定审计管辖范围。比如，某单位地处某市，但其财务关系隶属于中央，那么，该市审计局对该单位就没有审计管辖权，不能审计，只有审计署对该单位拥有审计管辖权，有权审计。但由于人力、财力所限，审计署不可能对遍布全国各地的中央直属单位都进行审计，这样就需要派出审计特派员并在特派员领导下设立办事处进行审计。哪级审计机关可以派出审计特派员，《审计法》没有规定，也就是说没有限制。从目前情况看，主要是审计署和省级审计机关有派出审计特派员的做法，地、县审计机关还没有设立审计特派员的情况。
审计署在全国16个城市派驻有审计特派员，在特派员领导下设立了16个驻地方特派员办事处，其级别为正司级，其名称一般为人民共和国审计署驻某地特派员办事处(简称特派办)，如人民共和国审计署驻南京特派员办事处，领导人称特派员。只有驻天津的例外，称审计署京津冀特派员办事处，其领导人也称特派员。其他14个城市是：哈尔滨、沈阳、济南、郑州、武汉、长沙、上海、广州、深圳、昆明、成都、西安、兰州、太原。16个特派办的编制为1500人，由审计署垂直领导，其人、财、物等由审计署直接管理。特派办根据审计署的授权，对省级财政预算执行情况和决算，对海关总署、国家税务总局、中央国库驻地方的分支机构的财务收支，对中国人民银行、中央国有金融机构、证券公司驻地方分支机构的财政财务收支以及国有中央企业、直属事业单位的财务收支等进行审计监督。一个特派办管两至三个省(或者计划单列市)，如南京特派办管江苏省和安徽省，上海特派办管上海市、浙江省、宁波市。特派办可以在审计机关授权范围内发出审计通知书，出具审计意见书，作出审计决定。
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