A.依照法律法规的规定可以不设置账簿的

B.虽设置了账簿，但是账目混乱，难以查账的

C.发生纳税义务，按照规定期限办理纳税申报的

D.纳税人申报的计税依据明显偏低，但是有正当理由的

E.擅自销毁账簿的

正确答案：A、B、E

答案解析:纳税人有下列情形之一的，税务机关有权核定其应纳税额：①依照法律、行政法规规定可以不设置账簿的；②依照法律、行政法规规定应当设置但未设置账簿的；③擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；④虽设账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查账的；⑤发生纳税义务，未按照规定的期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的：⑥纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。故选项ABE正确。

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