A.工程所在地的省、自治区、直辖市人民政府

B.工程所在地的省、自治区、直辖市人民政府建设主管部门

C.国务院建设主管部门

D.企业工商注册所在地的省、自治区、直辖市人民主管部门

正确答案：C

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答案解析:本题考查的是资质的申报与管理。
申请工程勘察甲级资质、工程设计甲级资质以及涉及铁路、交通、水利、信息产业、民航等方面的工程设计乙级资质的，应当向企业工商注册所在地的省、自治区、直辖市人民政府建设主管部门提出申请。其中，国务院国资委管理的企业应当向国务院建设主管部门提出申请；国务院国资委管理的企业下属一层级的企业申请资质，应当由国务院国资委管理的企业向国务院建设主管部门提出申请。
故本题正确答案为C。

相关知识：第二节 建筑市场的准入