A.下级部门的主动性和积极性发挥受到限制

B.形成多头领导，使下级执行者接受多方指令

C.部门间横向联系差

D.难以从组织内部培养熟悉全面工作的管理人才

E.整个组织系统的适应性较差

正确答案：A、C、D、E

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答案解析:直线职能式组织结构既保持了直线式统一指挥的特点，又满足了职能式对管理工作专业化分工的要求。其优点是集中领导、职责清楚，工作效率高。但缺点是下级部门的主动性和积极性发挥受到限制；部门间横向联系差，信息传递路线长。当职能部门与指挥部门之间目标不一致时，容易产生矛盾，致使上层主管的协调工作量增大；难以从组织内部培养熟悉全面工作的管理人才；整个组织系统的适应性较差，对新情况不能及时做出反应。B项是职能式组织结构的缺点。

相关知识：第5章 建设工程实施组织模式