A.工程本身的损害

B.工程所需清理、修复费用

C.因工程损害导致第三方人员伤亡

D.施工机械的损坏及停工损失

正确答案：D

答案解析:考查工程量清单编制的一般规定。
因不可抗力事件导致的费用，发、承包双方应按以下原则分别承担并调整工程价款：
①工程本身的损害、因工程损害导致第三方人员伤亡和财产损失以及运至施工现场用于施工的材料和待安装的设备的损害，由发包人承担；AC选项错误。
②发包人、承包人人员伤亡由其所在单位负责，并承担相应费用；
③承包人的施工机械设备的损坏及停工损失，由承包人承担；D选项正确。
④停工期间，承包人应发包人要求留在施工现场的必要的管理人员及保卫人员的人工费用，由发包人承担；
⑤工程所需清理、修复费用，由发包人承担。B选项错误。
ABC选项均由发包人承担。
故此题正确答案为D。

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相关知识：第三节 工程量清单计价