A.良种补贴政策主要是由国家财政对农民购买使用良种进行补贴，鼓励良种的推广应用

B.种粮农民直接补贴始于2004年

C.农资综合补贴是对种粮农民因农资价格上涨带来的损失进行补偿，自2006年开始实施

D.2014年起实行玉米目标价格补贴

E.2016年建立棉花和大豆生产者补贴制度

正确答案：A、B、C

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答案解析:我国农民收入补贴制度包括：
①良种补贴政策，从2002年开始实施，主要是由国家财政对农民购买使用良种进行补贴，鼓励良种的推广应用。
②种粮农民直接补贴，2004年开始实施，补贴以粮食主产区为重点，对从事粮食生产的农民按照种粮面积给予补贴。
③农资综合补贴，在2006年开始实施，对种粮农民因农资价格上涨带来的损失进行补偿。2014年起，国家逐步展开了对直接补贴制度的改革探索：一是实行“三补合一”改革。二是实行棉花和大豆目标价格补贴。2014年启动实施了目标价格补贴。三是实行玉米生产者补贴。2016年，建立了玉米生产者补贴制度。

相关知识：第三节 我国农业重点支持保护政策概述