| 名次 | 学校名称 | 所在城市 | 全国排名 | 2016办学类型、等级和层次 | |||
| 名次 | 总分 | 办学类型 | 星级排名 | 办学层次 | |||
| 1 | 新疆大学 | 乌鲁木齐市 | 111 | 63.17 | 区域研究型 | 3星级 | 中国知名大学 |
| 2 | 石河子大学 | 石河子市 | 116 | 63.02 | 区域研究型 | 3星级 | 中国知名大学 |
| 3 | 新疆农业大学 | 乌鲁木齐市 | 225 | 61.48 | 专业型 | 2星级 | 区域高水平大学 |
| 3 | 新疆医科大学 | 乌鲁木齐市 | 225 | 61.48 | 专业型 | 2星级 | 区域高水平大学 |
| 5 | 新疆师范大学 | 乌鲁木齐市 | 251 | 61.36 | 应用型 | 2星级 | 区域高水平大学 |
| 6 | 塔里木大学 | 阿拉尔市 | 355 | 60.85 | 应用型 | 1星级 | 区域知名大学 |
| 7 | 新疆财经大学 | 乌鲁木齐市 | 381 | 60.77 | 应用型 | 1星级 | 区域知名大学 |
| 8 | 伊犁师范学院 | 伊犁州 | 473 | 60.53 | 应用型 | 1星级 | 区域知名大学 |
| 9 | 喀什大学 | 喀什地区 | 491 | 60.5 | 应用型 | 1星级 | 区域知名大学 |
| 10 | 昌吉学院 | 昌吉州 | 528 | 60.45 | 应用型 | 1星级 | 区域知名大学 |
| 11 | 新疆工程学院 | 乌鲁木齐市 | 581 | 60.38 | 应用型 | 1星级 | 区域知名大学 |
| 新疆艺术学院 | 乌鲁木齐市 | 应用型 | 2星级 | 区域高水平大学 | |||
| 新疆警察学院 | 乌鲁木齐市 | 应用型 | 2星级 | 区域高水平大学 | |||
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