南京站和南京南站都是南京市内的主要火车站，但它们距离夫子庙却有些不同。南京站位于南京市中心，是南京市的交通枢纽，离夫子庙约有5公里左右的距离，乘坐地铁或公交车需要约20分钟左右，交通便利。而南京南站位于南京市南部，距离夫子庙约有12公里左右的距离，乘坐地铁或公交车需要约40分钟左右，交通相对较为不便。

总的来说，南京站离夫子庙更近，交通更为便利。但如果您乘坐高铁或动车抵达南京，那么到达南京南站更为方便。不过，无论您到达哪个火车站，南京市内的地铁和公交系统都非常发达，您可以通过这些公共交通工具轻松到达夫子庙和其他景点。