马桶底部的水是通过排水口排出的。在马桶排水系统中，水从水箱流入马桶碗中。当马桶底部的水达到一定高度时，它会通过排水孔进入排水管道，然后流向下水道。这个过程是自然而然的，不需要人为干预。

当马桶底部的水无法流出时，可能是由于排水孔被堵塞或下水道有堵塞的情况。这时需要通过清除堵塞来解决问题。如果排水孔被堵塞，可以使用马桶专用的通管器或者手动清除。

在日常使用中，可以通过定期清洗马桶来避免排水孔被堵塞。同时，也要注意不要将大块物质或不易分解的物质扔进马桶，以免造成堵塞。

总之，马桶底部的水是通过排水孔排出的，如果出现排水不畅的情况，需要及时清除堵塞。保持马桶的清洁和正确使用也是预防堵塞的有效方法。