自动目录和智能目录是两种常见的文档目录生成方式，它们在实现方式和功能上存在着一些区别。

自动目录是指在文档中添加目录时，通过格式化和样式设置来自动生成目录。一般情况下，自动目录只能基于文本层级来生成目录，而不能对文本内容进行进一步的判断和分析。自动目录的优点在于它的简单易用，只需要在文档中添加一些标题和样式，即可自动生成目录。但是，自动目录缺乏对文本内容的深入理解和分析，无法对关键词、主题等进行进一步的识别和分类。

与自动目录相比，智能目录具有更高的智能化和个性化定制能力。智能目录可以根据文档内容进行分析和分类，并根据用户需求自定义目录。例如，智能目录可以根据用户选择的关键词或主题来生成目录，或者根据文档中的图片、表格等元素进行分类。智能目录能够更加准确地反映文档的内容和结构，提高文档的可读性和可理解性。

总之，自动目录和智能目录各有优缺点，用户可以根据自己的需求和文档的特点选择适合的目录生成方式。