新车合格证是指新购车辆经过相关检测合格后所获取的证明文件，也是办理车辆上牌的必备材料之一。在办理车牌手续时，车主需要将新车合格证提交给车管所进行备案并获取车牌。

然而，许多车主在办理完车牌后会有疑问：车管所是否会将新车合格证还给车主呢？答案是肯定的。

根据国家相关规定，车管所在备案后应当将原件归还给车主。同时，车主也应当妥善保管好新车合格证，以备日后需要使用或出售车辆时使用。

此外，车主在办理车牌时还需注意以下事项：首先，车主应当提前准备好所有所需材料，以免因材料不齐全而耽误办理时间。其次，车主应当按照规定缴纳相关手续费用，并注意查验车牌是否准确无误。最后，车主应当遵守交通规则，文明驾驶，确保车辆行驶安全。

总之，新车合格证是办理车牌的必备材料之一，车管所在备案后会将其归还给车主。车主在办理车牌时应当注意相关事项，以便顺利完成手续。