（2）化学性危害的控制：人们常常对生物危害极为重视，因为生物性危害可造成疾病的流行暴发。殊不知，化学性危害也会引起食源性疾病（如日本的森永奶粉事件，由于使用了工业级食品添加剂，造成厂砷化物污染引起的食物中毒）。我国的甲醇、亚硝酸盐引起的食物中毒等均对人体造成严重的危害；农药、化肥等也是保健食品中最重要的化学危害。因此，对化学性危害的控制不可忽视。可以从以下三方而进行控制：①控制保健食品原料中存在天然的有毒物质，要求供应商提供原料的合格检验报告、质量保证书等有关的证明材料，包括原料的品种、规格、质量指标等。如果是从动、植物中提取的单一有效物质或以生物，化学合成物为原料的，应索取该物质的理化性质及含量的检测报告；含有兴奋剂或激素的原料，应索取其含量检测报告，按照《食品卫生法》的规定，不得收购和采用有毒有害的原料。②控制保健食品生产过程的污染：对配方中必须要加入的有害化学物质应掌握每种原料成分的详细规格，核实原料有毒有害的测试报告；加工中直接或间接使用的食品添加剂必须是经国家批准的，使用量和使用范围都符合有关要求，并保存检测记录。生产所用上用具、容器、生产管道、包装材料必须符合国家有关的规定；使用的清洁剂和消毒剂必须是卫生行政部门批准的产品。使用后残留量不得超出国家规定。为设备与设施维修和保养的润滑剂、涂料必须是食用级的，不得使用非食用级原料。产品贮运过程中也应防止化学性物质的污染，特别是贮藏过程中的温度和时间应加以控制，卫生部食品卫生监督检验所对330件进口鱼油进行稳定性试验保温3个月后，其中6件产品的过氧化值比未保温试验的产品平均高出l倍多，最高的甚至达到2．4倍。③最终产品（包括产品标签）应按照《要求》和产品企业标准的规定项目经检验合格后方可出厂，必要时可对产品进行农药、激素、兴奋剂等的检测，以确保控制化学性危害。
（3）物理性危害的控制：物理性危害主要包括各种外来物质对食品的污染。为控制物理性危害，在保健食品生产过程中，需要安装辅助设备以保证最终产品的安全性，根据具体情况，可设金属探测器、吸铁石和过滤器，防止物理性危害对食品消费者的安全造成危害。
良好生产工艺（GMP）和危害分析与关键控制点（HACCP）作为国际供认的先进的、系统的管理方法，被许多国家运用于国际贸易，作为国际贸易的参照基准。去年，PAO扣留了我国634批次进口食品，主要原因是：杂质、卫生状况差；农药残留；食品添加剂和色素；标签；其他微生物污染问题；霉菌毒素；低酸罐头食品等。因为，无论是国际市场还是国内市场，保健食品都应该向高科技和高质量发展，保健食品进入国际市场，企业就得遵守国际市场的规则，因此，中国的保健食品要想进入国际市场，作为保健食品企业首先应认真学习贯彻执行保健食品的GMP，对保健食品生产的每一环节都采用HACCP质量保证体系，只有这样才能与国际接轨，才能使我国的保健食品立于世界不败之地。
