体育进中考的初衷良好、目的正当、方向明确、意义重大，但要落实好并不容易。其中，人们最为关心的应该是如何保证公平性——的确，任何考试都应以公平性为前提，否则，再好的初衷也可能南辕北辙，引发新的不公和矛盾。相较于语、数、外“唯分数论”的简单公平，体育测试的公平性要复杂得多，除了杜绝徇私舞弊，还有不少难题需要化解。
譬如，怎样选择测试项目。体育项目有很多，有的学生喜欢打篮球、踢足球，有的学生擅长跑步、游泳，有的学生可能对某种小众健身项目情有独钟……这意味着，体育测试不能像语、数、外那样用一张试卷考所有学生，而应尽可能给学生提供多样化选择。否则，让擅长游泳的学生去测试踢足球，显然不公平。同时，不同体育项目的测试成绩如何相互比较，游泳成绩与跑步成绩怎样论高低，无疑也是一个难题，需要细加考量、慎重权衡才能做到相对公平。
再譬如，怎样综合评价身体素质和技能素质。打篮球、踢足球、跑步、游泳等，主要是测试学生的体育技能。而现实中，有些学生(包括有些成年人)身体素质挺好，但就是跑不快、跳不远，也不擅长打篮球、踢足球，总之就是“体育盲”。反之，有些游泳游得很快、篮球打得不错的学生，身体素质未必就很好。体育进中考之目的，是提高学生的身体素质，而不是培养运动员，所以中考体育测试不应该“唯技能论英雄”。那么，如何综合评价学生的身体素质和技能素质?用什么方法来测试学生的身体素质?对于这个难题，需要作出合理的制度安排。
还譬如，体弱多病以及身体残疾的学生怎么办。大多数人的身体素质，可以通过体育锻炼以及健康的饮食和作息来提高，这正是体育进中考目的之所在。但也有一些学生，天生体弱多病，甚至身体有残疾，没法通过体育锻炼来弥补。显然，这不是他们的错，不是他们不努力造成的。如果他们因为体育成绩差而影响上高中、上好高中，恐怕有失公平，甚至很残忍。高考尚能对残疾考生特殊对待，中考更应该对体弱多病或身体残疾的考生“网开一面”，不宜搞“一刀切”。
所有这些难题意味着，体育进中考需要有更全面、更细致、更合理的制度设计，要针对可能出现的问题未雨绸缪，并在实践过程中不断修正改进。唯有以公平性为前提，体育进中考才能彰显其意义。
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