A.对绩效考评及奖惩的决定有异议，且有具体证明的

B.申诉人有证据证明自己权益受到侵犯的其他事项

C.对培训、薪酬、福利等方面有异议的

D.由于企业违反了集体协议、劳动，而影响其权益的

正确答案：D

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答案解析:员工通过申诉制度处理的主要事项包括：
①因现行制度、规章、办法或措施未尽事宜或执行的疏忽，损害其合法权益的。
②对绩效考评及奖惩的决定有异议，且有具体证明的。
③对培训、薪酬、福利等方面有异议的。
④对劳动合同的签订、续签、变更、解除、终止等方面有异议的。
⑤认为受到上级或同事的违法、滥用职权或不当行为对待，侵犯其权益或影响其正常工作的。
⑥认为职务升迁或工作调派处置不当，而影响其权益的。
⑦申诉人有证据证明自己权益受到侵犯的其他事项。

相关知识：第四节 企业解决劳动争议的制度和方法