A.市场监督管理部门可以责令侵犯注册商标专用权的行为人立即停止侵权行为

B.市场监督管理部门可以没收、销毁侵犯注册商标专用权的商品

C.市场监督管理部门可以责令侵犯注册商标专用权的行为人赔偿商标权人因侵权所受到的损失

D.对恶意申请商标注册的商标代理机构，市场监督管理部门可处以罚款

正确答案：C

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答案解析:根据《商标法》第六十条的规定，市场监督管理部门处理时，认定侵权行为成立的，责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品。商标代理机构违反《商标法》第六十八条规定的，由市场监督管理部门责令限期改正，给予警告，处1万元以上10万元以下的罚款。赔偿损失不属于行政责任，市场监督管理部门也没有权力责令侵权人赔偿损失，但可以应当事人的请求进行调解。

相关知识：第四节 商标代理