A.是否属于不以使用为目的的恶意商标注册申请

B.申请注册的三维标志是否属于仅由商品自身的性质产生的形状

C.是否属于代表人未经授权，以自己的名义申请注册被代表人的商标

D.是否属于申请注册他人在先使用并有一定影响的标志

E.申请注册的商标是否属于县级以上行政区划的地名

正确答案：A、B、E

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答案解析:商标注册申请实质审查包括禁止性条款审查、与他人在先商标相同或近似的审查。禁止性规定的审查，是审查注册申请是否违反《商标法》禁止注册或使用的规定。法律依据主要包括：《商标法》第四条（不以使用为目的的恶意商标注册申请）；第十条（不得作为商标使用的标志）；第十一条（缺乏显著性的标志）；第十二条（缺乏显著特征的三维标志）；第十九条第四款（商标代理机构不得申请注册的商标）。

相关知识：第二节 商标的注册