A.经营性国有资产要实行统一监管

B.商业类国有企业和公益类国有企业实行不同的考核办法

C.明确董事会的独立权利

D.鼓励全员持股

E.鼓励末位淘汰

正确答案：A、B、C

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答案解析:《关于深化国有企业改革的指导意见》为深化国有企业改革明确了以下几个重要问题：
（1）经营性国有资产要实行统一监管；
（2）商业类国有企业和公益类国有企业实行不同的考核方法；
（3）明确董事会的独立权利；
（4）对国有企业领导人员要进行分类、分层管理；
（5）明确了国有资本形态转化的问题；
（6）要保障混合所有制改革企业中小股东的权益；
（7）不搞全员持股。

相关知识：第二节 经营性国有资产管理