中国科学院水利部水土保持研究所成立于1956年，是中国科学院在西北地区建立的第一个科研机构。1987年由中国科学院和水利部双重管理，1995年经国家批准确定现所名。1998年被中国科学院列入国家知识创新工程首批试点单位。1999年根据国务院文件，与杨凌其它6个科教单位合并组建“西北农林科技大学”。2001年中国科学院与教育部联合共建“水土保持与生态环境研究中心”，作为知识创新工程试点单位继续纳入中国科学院研究机构序列。