1958年7月，为加快安徽建设，改变皖北地区人民群众缺医少药的局面，国家决定由原上海第二医学院(现上海交通大学医学院)援建创立蚌埠医学院。

　　学校现为安徽省省属普通高等医学院校，是国家首批具有学士和硕士学位授予权单位、国家首批卓越医师教育培养计划试点高校、国家首批大学生创新创业训练计划试点高校、国家首批临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校、教育部硕士研究生推免高校、安徽省高校综合改革首批试点单位、安徽省院士工作站和博士后岗位设置单位，是暨南大学、陆军军医大学博士研究生联合培养单位。学校是国家级大学生创新创业实践基地和国家级大学生校外实践教育基地，教育部临床医学“5+3”改革试点高校。