A.承包方受伤人员医药费、补偿金5万元

　　B.承包方自有施工机具损坏损失12万元

　　C.施工机具闲置、施工人员窝工损失6万元

　　D.工程清理、修复费用3.5万元

　　参考答案：D

　　【解析】本题考查不可抗力造成的损失的分担原则。因不可抗力事件导致的人员伤亡、财产损失及其费用增加，发承包双方应按以下原则分别承担并调整合同价款和工期：

　　(1)合同工程本身的损害、因工程损害导致第三方人员伤亡和财产损失以及运至施工场地用于施工的材料和待安装的设备的损害，由发包人承担;

　　(2)发包人、承包人人员伤亡由其所在单位负责，并应承担相应费用;

　　(3)承包人的施工机械设备损坏及停工损失，应由承包人承担;

　　(4)停工期间，承包人应发包人要求留在施工场地的必要的管理人员及保卫人员的费用，应由发包人承担;

　　(5)工程所需清理、修复费用，应由发包人承担。

　　不可抗力解除后复工的，若不能按期竣工，应合理延长工期。发包人要求赶工的，赶工费用应由发包人承担。

　　本题中承包方受伤人员医药费、补偿费5万元的经济损失不应补偿给承包方。理由：不可抗力造成承发包双方的人员伤亡，分别各自承担;

　　施工机具损坏损失12万元的经济损失不应补偿给承包方。理由：不可抗力造成施工机械设备损坏，由承包人承担;

　　施工机具闲置、施工人员窝工损失6万元的经济损失不应补偿给承包方。理由：不可抗力造成承包人机械设备的停工损失，由承包人承担;

　　工程清理、修复费用3.5万元的经济损失应补偿给承包方。理由：不可抗力造成工程所需清理、修复费用，由发包人承担。

　　故选D。