食品经营许可证是食品经营者必须持有的证件，也是保障消费者食品安全的重要保障。然而，一些食品经营者在申请食品经营许可证时遭遇了一些困难，比如申请时间长、手续繁琐等问题。如果遇到这种情况，应该向哪里投诉呢？

首先，可以向所在地的食品药品监督管理部门投诉。食品药品监督部门是负责监管和管理食品安全的部门，如果食品经营者在申请食品经营许可证时遇到了问题，可以向这个部门投诉。投诉时，应该提供详细的申请情况和遇到的问题，并要求监督部门给予解决。

其次，可以向消费者协会投诉。消费者协会是维护消费者权益的组织，如果食品经营者在申请食品经营许可证时违反了消费者权益，可以向消费者协会投诉。投诉时，应该提供详细的申请情况和违反消费者权益的证据，并要求消费者协会给予支持和帮助。

最后，可以向市场监管部门投诉。市场监管部门是负责管理市场秩序的部门，如果食品经营者在申请食品经营许可证时违反了市场规则，可以向市场监管部门投诉。投诉时，应该提供详细的申请情况和违反市场规则的证据，并要求市场监管部门给予处理。

总之，如果食品经营者在申请食品经营许可证时遇到了问题，应该及时投诉，寻求解决。无论向哪个部门投诉，一定要提供详细的情况和证据，以便部门能够给予有效的支持和帮助。