电喷摩托车怠速不稳时高时低，可能有以下几个原因：

首先，空气滤清器可能被污染或阻塞，影响了空气流量，导致混合气不足或过多。这会导致怠速时发动机转速高低不稳，甚至熄火。

其次，节气门可能存在故障或损坏，导致空气流量不稳定，进而影响混合气的比例。这也会导致怠速不稳定。

第三，电子控制单元(ECU)可能出现故障，无法控制混合气的比例和点火时机。这可能会导致怠速不稳定，甚至发动机无法启动。

最后，燃油系统可能存在故障或损坏，例如油泵或油嘴堵塞，燃油压力不足等。这些问题也会导致混合气比例不稳定，从而影响怠速。

因此，当电喷摩托车出现怠速不稳定的问题时，应该先检查以上几个可能的原因，逐一排查并解决问题。