南通市教育局规定，学生在毕业后，档案应当归属于原就读学校的档案室管理。这些档案包括学生的个人信息、成绩单、奖惩记录、班级照片等。学校档案室必须妥善保管这些档案，确保其安全、完整。

在学生毕业时，学校会向每位毕业生颁发毕业证书，并同时交付其个人档案。如果学生需要档案副本，可以向原就读学校申请。而对于转学的学生，其档案应当由原就读学校和新就读学校共同保管，以便后续查询和使用。

此外，南通市教育局也规定，学生的档案信息应当严格保密，不得随意泄露。学校档案室应当采取措施，确保档案资料不被非法获取和使用。

总之，南通市的学校毕业生档案都应当归属于原就读学校的档案室管理，保密性也是非常重要的。学生在毕业后，应当妥善保管自己的档案，以便今后的查询和使用。